Adalah Perhimpunan Seni dan Ilmu Batavia (Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen) yang jadi semacam embrio koleksi yang di kemudian hari tersimpan di Museum Sejarah Jakarta (MSJ). Perhimpunan atau perkumpulan itu lahir pada 1778 namun baru pada pertengahan abad 19 mereka memiliki koleksi data di bidang etnologi, botani, sejarah pra kolonial, dan arkeologi. Dari situlah kemudian pada periode antara tahun 1862 dan 1868 perhimpunan itu membuat Museum Pusat, tepatnya Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen Museum di Koningsplein West. Kini museum itu beken dengan nama Museum Nasional di Jalan Medan Merdeka Barat, Jakarta Pusat. Nama Museum Nasional seringkali juga disebut Museum Gajah. Ruang khusus segala sesuatu tentang kompeni kemudian dibuka pada 1905. Koleksi berbagai benda rumah tangga dari abad 18 menjadi fokus utama. Namun di tahun 1920-an ruang itu mulai terasa terlalu kecil. Karena akhirnya ruang penyimpanan terasa kurang, maka perkumpulan tersebut memindahkan koleksi mereka ke Museum Batavia (Adolf Heuken, Tempat-tempat Bersejarah di Jakarta) atau Museum Sejarah Batavia (Hans Bonke dan Anne Handojo, Dari Stadhuis Sampai Museum). Gedung bekas museum tersebut kini menjadi Museum Wayang. Hans Bonke menyebutkan pula, alasan lain pemindahan itu karena Stichting Oud Batavia (Yayasan Batavia Lama) mulai mengumpulkan berbagai benda terkait Batavia. Lantas semua koleksi yang berhubungan dengan Batavia dipindah ke gedung baru di dekat bekas Balai Kota Batavia (Museum Wayang). Koleksi itu antara lain lukisan, lithograph, furnitur, buku, dan peralatan rumah tangga yang terbuat dari perak. Museum Sejarah Batavia dibuka pada 22 Desember 1939 oleh Gubernur Jenderal Belanda terakhir, AWML Tjarda van Starkenborgh Stachouwer. Gedung itu seringkali disebut sebagai bekas gereja Belanda abad 18. Faktanya tidak demikian. Bangunan itu berdiri di atas lahan bekas gereja. Tahun 1937 gedung di di lahan bekas Nieuwe Hollandse Kerk atau Gereja Belanda Baru (1736) dibeli oleh Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen kemudian diubah menjadi Stedelijk Museum (van Batavia) atau Museum Kota (Batavia) atau Museum Sejarah Batavia. Isinya perabotan rumah tangga yang semula disimpan di Museum Pusat. Nieuwe Hollandse Kerk kemudian dibongkar pada 1808 saat HW Daendels berkuasa. Gereja itu rusak terkena gempa. Di gereja itulah makam beberapa gubernur jenderal termasuk JP Coen, tertanam. Lahan kosong bekas gereja tadi kemudian dibangun perkantoran dan gudang, salah satunya Geo Wehry & Co yang pada 1912 membangun gedung bergaya Neo Renaisans dan terpilih menjadi museum. Koleksi yang sudah terkumpul sejak pertengahan abad 19 dan yang kemudian dipindah ke Stedelijk Museum banyak yang hilang. Khususnya di masa Jepang. Seperti koleksi lukisan cat air dan gambar ukiran tentang Batavia Lama yang disumbangkan mantan Wali Kota Batavia, PR Feith. Museum Sejarah Batavia (Batavia Historisch Museum) atau Museum Kota – kemudian menjadi Museum Jakarta Lama – lagi-lagi harus pindah. Kali ini dari gedung yang kini jadi Museum Wayang ke gedung bekas stadhuis atau balai kota yang sebentar lagi berusia genap tiga abad. Ali Sadikin-lah, Gubernur Jakarta pada saat itu, yang jeli melihat gedung eks stadhuis harus dipugar dan dijadikan museum. Maka setelah kepemilikan diserahkan dari Kodim 0503 kepada Pemda Jakarta, gedung itu segera dipugar menjadi museum dengan nama Museum Sejarah Jakarta.
